Embora a Polônia e Lituânia tenham escapado da devastação da Guerra dos Trinta Anos, que terminou em 1648, as duas décadas seguintes foram terríveis para a República das Duas Nações. Esse período ficou conhecido na história da Polônia como Potop (traduzindo: Dilúvio).
Época revelada séculos mais tarde em livros marcados por lendas, romances populares e históricos. O escritor polaco Henryk Sienkiewicz (1846-1916), perpetuou aquele momento em seu livro Potop, escrevendo magistralmente a magnitude dos desastres. O resultado de seu trabalho e de sua trilogia, Sienkiewicz foi agraciado com o Prêmio Nobel de Literatura.
Os incidentes começaram com uma revolta dos cossacos - povo de origem eslava e genéticamente originário das tribos antigas de Turan, dos Escitas (Kos-Saka ó Ka-Saka) e dos eslavos maeotae-jázaros de Azov, possuindo ainda alguma mistura com os asos-alanos, tanaisos e que a partir do século X possuiam em sua comunidade russos, rutenos (atuais ucranianos), cazaquis e até polacos - que viviam no extremo Oriente do território da República Polaca-Lituana e que persistiram, apesar dos esforços de Varsóvia para dominar os revoltosos pelo uso da força. Após os rebeldes serem vencidos por Moscou, o Tzar Aleksei conquistou a maior parte da metade oriental da República, em 1655. Aproveitando-se da preocupação da Polônia, Carlos X, da Suécia invadiu rapidamente a maior parte do restante território das Duas Nações. Empurradas à completa dissolução, Polônia e Lituânia, reuniram-se para recuperar a maior parte de suas perdas para os suecos.
A brutalidade sueca levantou o povo de forma generalizada contra Carlos X, a quem os magnatas polacos tinham reconhecido como governante. Entretanto. com Sztefan Czarniecki, os polacos e lituanos expulsaram os suecos do seu território por volta de 1657. Envolvida em situações ainda mais complicadas pelo divisão entre magnatas, a guerra contra os turcos otomanos, que iriam sitiar Viena e a Guerra dos Teze Anos, a República perderia o controle da região mais ao Leste de seu território, onde viviam os cossacos e os rutenos. Em que pese, Moscou ter sido derrotado por uma nova aliança polaco-rutena em 1662, os moscovitas e a futura Rússia ganharam aquele território oriental através de um tratado de paz.
Apesar de improvável, a sobrevivência daquela que é a primeira República pós-idade média, um dos casos mais dramáticos dos polacos com esse "dom para prevalecer na adversidade", e que causou danos irreparáveis, o Dilúvio contribuiu fortemente para o fim do Estado Polaco-Lituano. Quando Jan Kaziemierz II abdicou em 1668, a população da comunidade binacional tinha sido reduzida quase pela metade devido às guerras e doenças. As guerras destruiram a base econômica das cidades e levantou um fervor religioso que terminou com política de tolerância religiosa da Polônia.
Desde então, a República esteve sempre na defensiva estratégica frente a seus vizinhos hostis. Nunca mais a Polônia conseguiria competir com a Rússia em igualdade militar.
Desde então, a República esteve sempre na defensiva estratégica frente a seus vizinhos hostis. Nunca mais a Polônia conseguiria competir com a Rússia em igualdade militar.
